പ്രഖ്യാപിച്ചതു മുതല്‍ “വാരിയംകുന്നന്‍” സിനിമയ്ക്ക് നേരെ വിവാദങ്ങളാണ് ഉയരുന്നത്. മലബാര്‍ കലാപം നയിച്ച വാരിയംകുന്നത്ത് കുഞ്ഞമ്മഹദ് ഹാജിയുടെ ജീവിതം അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് ആഷിഖ് അബു പൃഥ്വിരാജിനെ നായകനാക്കി വാരിയംകുന്നന്‍ സിനിമ പ്രഖ്യാപിച്ചത്.
വാര്യംകുന്നത്ത് ഹിന്ദുക്കളുടെ ശത്രുവാണ് എന്നാണ് ബിജെപി നേതാവ് സന്ദീപ് വാര്യര്‍. സ്വതന്ത്രസമരസേനാനിയും കെപിസിസിയുടെ ആദ്യ സെക്രട്ടറിയുമായ കെ. മാധവന്‍ നായരുടെ “മലബാര്‍ കലാപം” എന്ന ബുക്കില്‍ വാര്യംകുന്നത്ത് കുഞ്ഞഹമ്മദ് ഹാജിയെ കുറിച്ച് പറയുന്ന ഭാഗം ഉദ്ധരിച്ചാണ് സന്ദീപ് വാര്യരുടെ വാക്കുകള്‍.
ഹിന്ദുക്കള്‍ ശത്രുക്കളായതിനാല്‍ അവരെ ദ്രോഹിക്കാനും കൊല്ലാനും മതം മാറ്റാനും വാര്യംകുന്നത്ത് തുടങ്ങിയെന്നും സന്ദീപ് വാര്യര്‍ ഒരു മാധ്യമ ചര്‍ച്ചക്കിടെ പറഞ്ഞു.
വാരിയന്‍കുന്നത്ത് കുഞ്ഞഹമ്മദ് ഹാജി മതഭ്രാന്തനാണ്, സാമ്രാജിത്വ വിരുദ്ധ പോരാളിയല്ല എന്ന് പറയുന്നത് ചരിത്ര വസ്തുതകളുടെ നിഷേധമാണെന്ന് എംഎല്‍എ എം സ്വരാജ് വ്യക്തമാക്കി. മതപരമായ വിദ്വേഷമോ വര്‍ഗീയമായ ചേരിതിരിവിന്റെയോ അടിസ്ഥാനത്തിലല്ല കുഞ്ഞഹമ്മദ് ഹാജിയെ വിലയിരുത്തേണ്ടത്. അദ്ദേഹം ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ സമരത്തിന് നേതൃത്വം കൊടുത്തയാളാണ്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സൈന്യത്തിലും ധാരാളം ഹിന്ദുക്കളുണ്ടായിരുന്നുവെന്നും സ്വരാജ് ചര്‍ച്ചയില്‍ പറഞ്ഞു