സർക്കാർ നിർദ്ദേശം അനുസരിച്ച് അക്കൗണ്ടിലുണ്ടായിരുന്ന വിവിധ ഫണ്ടുകളെല്ലാം ട്രഷറിയിലേക്ക് മാറ്റിയതോടെ കടുത്ത പ്രതിസന്ധിയിലേക്ക് നീങ്ങി സർവ്വകലാശാലകൾ. നിലവിലെ സാഹചര്യത്തിൽ ശമ്പളം പോലും നൽകാനാകാത്ത സ്ഥിതിയിലാണ് സംസ്ഥാനത്തെ സർവ്വകലാശാലകൾ. പെൻഷൻ ഫണ്ട് അടക്കം ട്രഷറിയിലേക്ക് മാറ്റിയത് കൂടുതൽ വിനയായിമാറി.
ഇക്കഴിഞ്ഞ ഫെബ്രുവരിയിലാണ് പദ്ധതി ഫണ്ട്, പദ്ധതിയേതര ഫണ്ട്, തനത് ഫണ്ട്, മുതൽ പെൻഷഷൻ ഫണ്ട് അടക്കം സർവ്വകലാശാലകളിലെ മുഴുവൻ പണവും ട്രഷറിയിലേക്ക് മാറ്റാൻ ഉത്തരവിറക്കിയത് അക്കൗണ്ടിൽ ബാലൻസുള്ള മുഴുവൻ തുകയും ഉടൻ ട്രഷറിയിലേക്ക് മാറ്റണമെന്ന്, കേരള സർവ്വകലാശാല വിവിധ വകുപ്പ് മേധാവിമാർക്ക് ഒക്ടോബറിൽ സര്‍ക്കാര്‍ മുന്നറിയിപ്പ് നല്‍കിയിരുന്നു.
ഇല്ലെങ്കിൽ ശമ്പള വിതരണത്തിനുള്ള സർക്കാർ ഗ്രാൻറിനെ വരെ ദോഷകരമായി ബാധിക്കും. എന്നായിരുന്നു നിർദ്ദേശം. സാമ്പത്തികപ്രതിസന്ധി മറികടക്കാനാണ് സർക്കാർ സർവ്വകലാശാലകളുടെ ഫണ്ടിൽ കൈവെച്ചത്. ഇങ്ങിനെ ട്രഷറിയിലേക്കെത്തിയത് കോടികളാണ്. ഈ പണം വിതരണത്തിനായി, വിവിധ ഗഡുക്കളായി സർക്കാർ സർവ്വകലാശാലകൾക്ക് നൽകും എന്നായിരുന്നു വാഗ്ദാനം.
എന്നാൽ കൃത്യമായി ഗഡുക്കൾ വിതരണം ചെയ്യാൻ കഴിയാതെയായി. കേരള പോലുള്ള വലിയ സർവ്വകലാശാലകൾ സ്വന്തം വരുമാനത്തിൽ നിന്ന് ചെലവ് നടത്തുമ്പോൾ വരുമാനം കുറഞ്ഞവയാണ് വെട്ടിലായത്. കാർഷിക, വെറ്റിനറി, സംസ്കൃത സർവ്വകലാശാലകളും കലാമണ്ഡലവും ശമ്പളം നൽകുന്നത് കഷ്ടിച്ചാണ്. തനത് ഫണ്ട് ട്രഷറിയിൽ പോയതോടെ എല്ലാ സ‍ർവ്വകലാശാലകളിലെയും ഗവേഷണത്തിനും പദ്ധതി നടത്തിപ്പിനും വികസന പ്രവർത്തനത്തിനും കാശില്ലാത്ത സ്ഥിതിയായി.
കഴിഞ്ഞ സാമ്പത്തിക വർഷത്തിൽ പദ്ധതിയേതര ഫണ്ടിന്റെ അവസാന ഗഡു സർക്കാർ നൽകിയിരുന്നില്ല. 89.2 കോടി രൂപയാണ് ഈയിനത്തിൽ സർക്കാർ കൈവശം വച്ചത്. അതിനു പുറമേയാണ് യൂണിവേഴ്സിറ്റികളുടെ സ്വന്തം ഫണ്ടും സർക്കാർ ട്രഷറികളിലേക്ക് മാറ്റിയെടുത്തത്. ഇതോടെ അടിസ്ഥാന ചെലവുകൾക്കുപോലും ഫണ്ടില്ലാത്ത സ്ഥിതിയിലാണ് പല സർവ്വകലാശാലകളും.