ജനനേന്ദ്രിയം ഛേദിച്ച കേസില്‍ സ്വാമി ഗംഗേശാനന്ദയെയും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് പ്രതിചേര്‍ക്കും. പെണ്‍കുട്ടി നല്‍കിയ പീഡന പരാതിയിലാണ് സ്വാമിയെ പ്രതിചേര്‍ക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചിരിക്കുന്നത്. ജനനേന്ദ്രിയം ഛേദിച്ച കേസില്‍ പെണ്‍കുട്ടിയെയും കാമുകനെയും പ്രതിയാക്കി മറ്റൊരു കുറ്റപത്രവും സമര്‍പ്പിക്കും. രണ്ടു സംഭവങ്ങളിലും വെവ്വേറെ കുറ്റപത്രമാണ് നല്‍കുക. എ.ജിയുടെ നിയമോപദേശത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലാണ് കുറ്റപത്രം തയ്യാറാക്കിയിരിക്കുന്നത്.
പരാതിക്കാരിയും അയ്യപ്പദാസും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം സ്വാമി അംഗീകരിക്കാത്തതിനെ തുടര്‍ന്നാണ് പെണ്‍കുട്ടി സ്വാമിയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം മുറിച്ചതെന്നാണ് ക്രൈംബ്രാഞ്ച് കണ്ടെത്തിയത്. ഗൂഢാലോചന സംശയിക്കുന്ന തെളിവുകളും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. സമാന സംഭവങ്ങളുടെ ദൃശ്യങ്ങള്‍ സംഭവം നടക്കുന്നതിന് രണ്ടു മാസം മുമ്പ് പെണ്‍കുട്ടി ഇന്റര്‍നെറ്റില്‍ കണ്ടതായുള്ള മൊബൈല്‍ ഫോണിന്റെ ഫോറന്‍സിക് റിപ്പോര്‍ട്ടായിരുന്നു തെളിവുകളില്‍ പ്രധാനം.
2017 മെയ് 19 രാത്രിയാണ് ഗംഗേശാനന്ദ സ്വാമിയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം മുറിച്ച ഞെട്ടലുളവാക്കിയ സംഭവം. 2017 മേയില്‍ പെണ്‍കുട്ടിയുടെ തിരുവനന്തപുരം പേട്ടയിലെ വീട്ടില്‍വെച്ചാണ് ഗംഗേശാനന്ദ ആക്രമിക്കപ്പെടുന്നത്.സ്വാമി ലൈംഗിക അതിക്രമത്തിന് ശ്രമിച്ചപ്പോള്‍ 23-കാരിയായ വിദ്യാര്‍ത്ഥിനി സ്വയംരക്ഷയ്ക്കായി ചെയ്‌തെന്നായിരുന്നു പരാതി. ഇതേ തുടര്‍ന്നാണ് ഗംഗേശാനന്ദയ്ക്കെതിരെ കേസ് എടുത്തത്.
പിന്നീട് ഗംഗേശാനന്ദ ഉപദ്രവിച്ചിട്ടില്ലെന്നും അതിക്രമം നടത്തിയത് പെണ്‍കുട്ടിയുടെ കാമുകനടക്കമുള്ളവരുടെ നിര്‍ബന്ധത്താലാണെന്നും പോക്‌സോ കോടതിയിലും ഹൈക്കോടതിയിലും പരാതിക്കാരി തിരുത്തി പറഞ്ഞിരുന്നു. പിന്നീട് മാതാപിതാക്കളും തിരുത്തി പറഞ്ഞു. ഇതോടെ, കേസില്‍ ഗൂഢാലോചനയുണ്ടെന്ന് വ്യക്തമാകുകയായിരുന്നു.