ഗവർണർക്കെതിരെ കോടതിയിൽ നടത്തുന്ന കേസിൽ ചിലവാക്കിയ സർവ്വകലാശാല ഫണ്ട് മുഴുവൻ തിരിച്ചടക്കണമെന്ന് വിസിമാർക്ക് നിർദേശം നൽകി ഗവർണർ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാൻ. വിസിമാർ കേസ് സ്വന്തം ചെലവിൽ മതിയെന്നും ഗവർണർ നിർദേശം നൽകി. നിർദേശമനുസരിച്ച് 1.13 കോടി രൂപയാണ് വിസിമാർ അടയ്‌ക്കേണ്ടത്.
സർവകലാശാല ഫണ്ടിൽ നിന്നും 1.13 കോടി രൂപയെടുത്ത് വിസിമാർ കേസ് നടത്തിയ സംഭവത്തിന്റെ പശ്ചാത്തലത്തിലാണ് ഗവർണറുടെ നിർദേശം. യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി ഫണ്ടിൽ നിന്ന് ചെലവാക്കിയ പണം മുഴുവൻ വിസിമാർ തിരിച്ചടയ്ക്കണം. ചെലവഴിച്ച തുക ഉടനടി തിരിച്ചടച്ച് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാനാണ് ഗവർണരുടെ ഉത്തരവ്. ഇക്കാര്യം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി വിസിമാർക്ക് ഗവർണർ നോട്ടീസ് അയച്ചിട്ടുണ്ട്. നിയമനം റദ്ദാക്കിയ ഗവർണറുടെ നടപടിക്കെതിരെ കേസ് നടത്തിയതിന്റെ ചെലവുകൾക്കായിട്ടായിരുന്നു യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി ഫണ്ടിൽ നിന്നും വിസിമാർ കോടികൾ ചെലവാക്കിയത്.
കാലിക്കറ്റ്, സംസ്കൃത സര്‍വകലാശാല വൈസ് ചാൻസലര്‍മാരെ ഗവര്‍ണര്‍ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാൻ പുറത്താക്കിയിരുന്നു. യുജിസി യോഗ്യതയില്ലെന്ന കാരണത്താലായിരുന്നു ഗവര്‍ണറുടെ നടപടി. കാലിക്കറ്റ് സര്‍വകലാശാല വിസി ഡോ. എംകെ ജയരാജിനെയും സംസ്കൃത സര്‍വകലാശാല വിസി ഡോ എംവി നാരായണനെയുമാണ് ഗവർണർ പുറത്താക്കിയത്.