തൃക്കാക്കര ഉപതിരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ ആരംഭം മുതല്‍ തന്നെ സിപിഎമ്മിന് പിഴവ് പറ്റിയെന്ന വിമര്‍ശനവുമായി സിപിഐ സംസ്ഥാന നിര്‍വാഹക സമിതി. ജോ ജോസഫിനെ സ്ഥാനാര്‍ത്ഥിയാക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചതില്‍ പാര്‍ട്ടിയിലെ ഒരു വിഭാഗത്തിന് എതിര്‍പ്പുണ്ടായിരുന്നു. ജോ ജോസഫ് എല്‍ഡിഎഫിന്റെ സ്ഥാനാര്‍ത്ഥിയാണോ അതോ സഭയുടെ ആണോ എന്ന സന്ദേഹം തിരഞ്ഞെടുപ്പിലുടനീളം നിറഞ്ഞു നിന്നിരുന്നു.
ഡിവൈഎഫ്‌ഐ നേതാവ് അരുണ്‍ കുമാര്‍ സ്ഥാനാര്‍ത്ഥിയാകുമെന്നാണ് സിപിഎം നേതാക്കള്‍ കരുതിയിരുന്നത്. എന്നാല്‍ അവസാന നിമിഷത്തില്‍ സ്ഥാനാര്‍ത്ഥി മാറുകയായിരുന്നു. ഇക്കാര്യത്തില്‍ പാര്‍ട്ടിയില്‍ അതൃപ്തി നിലനിന്നിരുന്നു. എന്നാല്‍ പാര്‍ട്ടിയുടെ തീരുമാനമായതുകൊണ്ട് മാത്രമാണ് ഈ തീരുമാനത്തോട് സഹകരിച്ചതെന്ന് പ്രചാരണത്തിനിറങ്ങിയ ചില നേതാക്കള്‍ വ്യക്തമാക്കി. മന്ത്രിമാരും എഴുപതോളം എംഎല്‍എമാരും മണ്ഡലത്തില്‍ പ്രചാരണ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ക്കായി കേന്ദ്രീകരിച്ചതോടെ ജില്ലാ നേതൃത്വം അപ്രസക്തമാകുകയായിരുന്നു.
അതേസമയം മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ ഉദ്ഘാടനം നിര്‍വഹിച്ച എല്‍ഡിഎഫിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് കണ്‍വെന്‍ഷനിലേക്ക് കെ വി തോമസിനെ വരവേറ്റ രീതിയെ കുറിച്ചും സിപിഐ സംസ്ഥാന നിര്‍വാഹക സമിതിയില്‍ വിമര്‍ശനങ്ങള്‍ ഉയര്‍ന്നു. ഇഎംഎസിനെ കൊണ്ടുവരുന്നതു പോലെയാണ് കെ.വി.തോമസിനെ വരവേറ്റതെന്ന് ചിലര്‍ പരിഹാസിച്ചു. വേദിയിലെ എല്ലാവരും അദ്ദേഹത്തെ എഴുന്നേറ്റു നിന്നു സ്വീകരിച്ചു. ഇതെല്ലാം കോണ്‍ഗ്രസ് അണികള്‍ക്കു വീര്യം കൊടുക്കാനേ ഉപകരിച്ചുളളൂവെന്നും നേതാക്കള്‍ കുറ്റപ്പെടുത്തി.