ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് വിഭാഗവും യാക്കോബായ വിഭാഗവും തമ്മിലുള്ള തര്‍ക്കം പരിഹരിക്കാന്‍ സര്‍ക്കാര്‍ രൂപീകരിച്ച മന്ത്രിസഭാ ഉപസമിതിയുടെ പ്രവര്‍ത്തനം തടയാന്‍ ആകില്ലെന്ന് സുപ്രീം കോടതി. സര്‍ക്കാരിന് ചര്‍ച്ചകളിലൂടെയും കോടതി വിധി നടപ്പിലാക്കാം. കോടതി വിധിക്ക് എതിരെ സര്‍ക്കാര്‍ ഉത്തരവ് ഇറക്കാത്തിടത്തോളം അത് കോടതി അലക്ഷ്യ നടപടി ആകില്ലെന്നും സുപ്രീം കോടതി വ്യക്തമാക്കി. ജസ്റ്റിസ് അരുണ്‍ മിശ്രയും, ജസ്റ്റിസ് ഇന്ദിര ബാനര്‍ജിയും അടങ്ങുന്ന ബെഞ്ചാണ് ഇക്കാര്യം വ്യക്തമാക്കിയത്.
സുപ്രീം കോടതി വിധി നടപ്പിലാക്കുന്നില്ല എന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി ചീഫ് സെക്രട്ടറി, ഡി ജി പി തുടങ്ങി ഇരുപതില്‍ അധികം പേര്‍ക്ക് എതിരെ ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭ നല്‍കിയ കോടതി അലക്ഷ്യ ഹര്‍ജിയില്‍ നോട്ടീസ് അയക്കാന്‍ ജസ്റ്റിസ് അരുണ്‍ മിശ്ര അദ്ധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ച് വിസമ്മതിച്ചു. ഇരു വിഭാഗങ്ങളെയും ചര്‍ച്ചയ്ക്ക് വിളിക്കുന്നത് എങ്ങനെ കോടതി അലക്ഷ്യ നടപടി ആകും എന്ന് ബെഞ്ച് ആരാഞ്ഞു. വിധി നടപ്പിലാക്കാന്‍ സര്‍ക്കാരിന് മദ്ധ്യസ്ഥ ചര്‍ച്ചയും നടത്താം.
സര്‍ക്കാര്‍ സംവിധാനങ്ങളുടെ പ്രവര്‍ത്തനത്തില്‍ കോടതി ഇടപെടുന്നില്ല. സഭാ തര്‍ക്ക കേസിലെ വിധി നടപ്പിലാക്കാതെ മദ്ധ്യസ്ഥ ചര്‍ച്ച നടത്താന്‍ മന്ത്രിസഭ ഉപസമിതി രൂപീകരിച്ചത് കോടതി അലക്ഷ്യം ആണെന്ന് ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭയുടെ അഭിഭാഷകര്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയപ്പോള്‍ ആയിരുന്നു ജസ്റ്റിസ് അരുണ്‍ മിശ്രയുടെ പ്രതികരണം. മന്ത്രിസഭ ഉപസമിതി നടത്തുന്ന മദ്ധ്യസ്ഥ ചര്‍ച്ചകള്‍ തടയണം എന്ന ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭയുടെ ആവശ്യവും കോടതി അംഗീകരിച്ചില്ല.
മലങ്കര സഭ തര്‍ക്ക കേസ് പതിറ്റാണ്ടുകള്‍ ആയി നീണ്ടു നില്‍ക്കുന്നത് ആണ് എന്ന് ജസ്റ്റിസ് അരുണ്‍ മിശ്ര ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. താന്‍ തന്നെ ഇരുപതോളം ഉത്തരവുകള്‍ നൽകിയിട്ടുണ്ട്. ഈ കേസില്‍ സുപ്രീം കോടതി വിധിക്ക് എതിരെ കീഴ്‌ക്കോടതികള്‍ ഉത്തരവ് പുറപ്പെടുവിക്കരുത് എന്ന് നിര്‍ദേശിച്ചിട്ടുണ്ട്. എന്നാല്‍ ചെറിയ വിഷയങ്ങളില്‍ കോടതി അലക്ഷ്യ നടപടികള്‍ ആവശ്യപ്പെട്ട് വരുന്നത് അംഗീകരിക്കാന്‍ ആകില്ലെന്നും ജസ്റ്റിസ് അരുണ്‍ മിശ്ര വ്യക്തമാക്കി.
സുപ്രീം കോടതി വിധി നടപ്പിലാക്കാതെ ഇരിക്കാന്‍ പോലീസ് ശ്രമിക്കുക ആണെന്ന് ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭ കുറ്റപ്പെടുത്തി. യാക്കോബായ സഭയുടെ പുരോഹിതരെ ഒഴിവാക്കി, ചീഫ് സെക്രട്ടറി, ഡി ജി പി തുടങ്ങി നാല് ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ക്ക് എതിരെ കോടതി അലക്ഷ്യ നോട്ടീസ് അയക്കണം എന്ന ആവശ്യവും കോടതി അംഗീകരിച്ചില്ല. എന്നാല്‍ ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭയ്ക്ക് പുതിയ അപേക്ഷ നല്‍കി ഉദ്യോഗസ്ഥരില്‍ നിന്ന് വിവരം തേടാം എന്നും കോടതി വ്യക്തമാക്കി. 1934-ലെ മലങ്കര സഭാ ഭരണഘടന പ്രകാരം പള്ളികളില്‍ ഭരണം നടത്തണം എന്ന 2017-ലെ സുപ്രീം കോടതി വിധി വരിക്കോലി, ചെറുകുന്നം, മംഗലം ഡാം, എരുക്കുംചിറ, മണ്ണത്തൂര്‍ പള്ളികളില്‍ നടപ്പിലാക്കുന്നില്ല എന്ന് ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭയ്ക്ക് വേണ്ടി ഹാജരായ അഭിഭാഷകര്‍ കോടതിയില്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.