മലേഗാവ് സ്‌ഫോടന കേസ് വിചാരണയില്‍ നേരിട്ട് ഹാജരാകുന്നതില്‍ ഇളവ് വേണമെന്ന പ്രജ്ഞാ സിംഗ് ഠാക്കൂറിന്റെ അപേക്ഷ മുംബൈയിലെ എന്‍.ഐ.എ കോടതി തള്ളി. എം.പി എന്ന നിലയില്‍ പാര്‍ലിമെന്റ് സമ്മേളനത്തില്‍ എല്ലാ ദിവസവും പങ്കെടുക്കണമെന്നും ഇളവ് അനുവദിക്കണമെന്നുമായിരുന്നു പ്രജ്ഞയുടെ ആവശ്യം.
പ്രജ്ഞയുള്‍പ്പെടെ കേസിലെ എല്ലാ പ്രതികളും ആഴ്ചയിലൊരിക്കല്‍ കോടതിയില്‍ ഹാജരാകണമെന്നായിരുന്നു എന്‍.ഐ.എ കോടതി ഉത്തരവിട്ടിരുന്നത്. വിചാരണ അന്തിമഘട്ടത്തിലായതിനാല്‍ പ്രതികള്‍ കോടതിയില്‍ നിര്‍ബന്ധമായും ഹാജരാകണമെന്ന് കോടതി പറഞ്ഞു.
2008 സെപ്റ്റംബര്‍ 28ന് നടന്ന മലേഗാവ് സ്‌ഫോടനത്തിലെ മുഖ്യ പ്രതികളില്‍ ഒരാളാണ് പ്രജ്ഞാ സിംഗ് ഠാക്കൂര്‍. സ്ഫോടനത്തില്‍ ആറു പേര്‍ കൊല്ലപ്പെടുകയും നൂറോളം പേര്‍ക്ക് പരിക്കേല്‍ക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. മോട്ടോര്‍ സൈക്കിളില്‍ സ്ഥാപിച്ച ബോംബാണ് പൊട്ടിത്തെറിച്ചത്. സ്ഫോടനം നടന്ന അതേവര്‍ഷം തന്നെ സാധ്വി പ്രജ്ഞ സിംഗ് ഠാക്കൂര്‍, കേണല്‍ പുരോഹിത് എന്നിവരെ മറ്റ് പ്രതികള്‍ക്കൊപ്പം തീവ്രവാദ വിരുദ്ധ സ്‌ക്വാഡ് അറസ്റ്റു ചെയ്തിരുന്നു.